Kas ir proteīnu datu bankas (PDB) fails? Kā to atvērt un skatīt operētājsistēmā Windows 11?

Olbaltumvielu datu bankas (PDB) fails ir faila formāts, ko izmanto trīsdimensiju bioloģisko datu glabāšanai. PBP faili parasti tiek izmantoti, lai uzglabātu datus par olbaltumvielām, nukleīnskābēm un citām biomolekulām. PBP failus var skatīt dažādos veidos, tostarp izmantojot programmatūru, piemēram, PyMOL un VMD. Operētājsistēmā Windows 11 varat atvērt PBP failu, atverot failu pārlūku, noklikšķinot uz cilnes Skats un pēc tam atlasot opciju, lai parādītu slēptos failus un mapes. Kad tas ir izdarīts, jums vajadzētu būt iespējai atrast PBP failu, kuru vēlaties skatīt. PBP faili ir svarīgs rīks zinātniekiem, kas strādā ar biomolekulām, jo ​​tie ļauj vizualizēt un analizēt datus trīs dimensijās. Tāpēc izpratne par to, kā atvērt un skatīt PBP failus, ir svarīga prasme ikvienam, kas strādā bioinformātikas vai skaitļošanas bioloģijas jomā.

Protein Data Bank (PDB) faili ir trīsdimensiju molekulārie faili, kas glabā molekulārās struktūras. Tagad, ja jums rodas jautājums, kā atvērt šādus failus datorā, šī ziņa jūs interesēs. Šeit mēs detalizēti apspriedīsim PBP failus un to, kā skatīt šādus failus operētājsistēmā Windows 11/10. Tātad, bez papildu uztraukumiem, pārbaudīsim to!

Kas ir proteīnu datu bankas (PDB) fails?

Olbaltumvielu datu banka (PDB) ir proteīnu, nukleīnskābju un citu lielu molekulu 3D strukturālo datu datubāze. Fails no IKP Faila paplašinājums būtībā ir fails, kurā ir dati, kas saistīti ar 3D bioloģiskās molekulas struktūru. Dati ietver atomu koordinātas, atomu struktūras, atomu savienojamību, olbaltumvielu struktūru, nukleīnskābju struktūru un daudz ko citu. Tajā ir arī eksperimentāli metadati.

Šis faila formāts tiek plaši izmantots bioinformātikā, lai apmainītos ar proteīnu koordinātām. Tajā ir tūkstošiem līniju, kas apraksta proteīna struktūru. Tagad, ja vēlaties lasīt vai skatīt PBP failus Windows datorā, jums ir jāizmanto īpašs trešās puses rīks, jo tam nav vietējās lietotnes. Šajā ziņojumā mēs apspriedīsim dažādus veidus, kā skatīt PDB failu operētājsistēmā Windows 11/10.

Kā skatīt Protein Data Bank (PDB) failu sistēmā Windows 11?

Ir divi veidi, kā skatīt Protein Data Bank (PDB) failu operētājsistēmā Windows 11/10, proti:

1. Izmantojiet bezmaksas programmatūru, lai skatītu PBP failus.
2. Izmēģiniet bezmaksas tiešsaistes rīku, lai lasītu PBP failus.

1] Izmantojiet bezmaksas programmatūru, lai skatītu PBP failus.

Varat izmantot trešās puses Windows programmatūru, kas ļauj atvērt un skatīt PDB failus. Operētājsistēmai Windows ir pieejamas vairākas bezmaksas darbvirsmas lietotnes, kuras varat izmēģināt. Šeit ir daži labi, ko varat izmantot:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• Cumol
• Molekula
• RasMol

A] IKmol

IQmol ir bezmaksas un atvērtā koda molekulārais redaktors un vizualizācijas programmatūra operētājsistēmai Windows 11/10. Izmantojot to, jūs varat apskatīt PBP, kā arī dažādus citus 3D molekulu failus, piemēram, MOL, SMI, CUBE, XYZ utt. Šajā programmatūrā jūs varat atrast visus svarīgos molekulārās vizualizācijas rīkus. Šie rīki ir no pamata līdz uzlabotiem. Papildus PBP faila skatīšanai varat arī rediģēt molekulāro struktūru.

Tas ļauj vienlaikus atvērt vairākus PBP failus un skatīt tos visus vienlaikus. Modeļa skata panelī varat iespējot vai atspējot viena vai vairāku PBP failu renderēšanu.

Galvenās IQmol īpašības:

Šī bezmaksas un atvērtā koda PDB failu skatītāja funkcijas, kuras varat izpētīt, ir šādas:

• Jūs varat atrast visus standarta failu pārlūkošanas rīkus, tostarp tuvināšanu/tālināšanu (ar peles ritenīti), panoramēšanu, pagriešanu, pilnekrāna režīmu, skatu atiestatīšanu, asis rādīšanu utt.
• Tas ļauj pielāgot modeļa izskatu, rediģējot tādus parametrus kā ēnotājs, apkārtējā gaisma, difūzija, miglas stiprums, izgaismotās vietas, trokšņa intensitāte, POV-Ray parametri utt.
• Varat arī pievienot atomu etiķetes, piemēram, atoma masu, daļēju lādiņu, KMR, griešanās blīvumu utt.
• Tas ļauj pielāgot kameras iestatījumus atbilstoši savām vēlmēm. Varat pielāgot kameras projekciju, pozīciju utt.
• ir ērts Automātiska rotācija funkcija, kas ļauj automātiski pagriezt molekulāro modeli.
• Varat saglabāt pašreizējo proteīna struktūras attēlojumu attēla formātā, piemēram, PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS utt.
• Tas arī ļauj konvertēt PBP uz citiem molekulu failiem, izmantojot funkciju 'Saglabāt kā'. Atbalstītie izvades formāti: XYZ, MOL, MOL2, CML utt.
• Varat arī to izmantot Aprēķins funkcijas, lai aprēķinātu molekulārās struktūras enerģija, spēki, PES skenēšana, pārejas stāvoklis, ķīmiskās nobīdes, ģeometrija, sadalīšanās enerģija, BSSE korekcija, un tā tālāk.

Papildus skatīšanās funkcijām jūs saņemat īpašu Build izvēlni ar molekulārās konstrukcijas funkciju kopumu. Šīs funkcijas ietver jaunu atomu pievienošanu, jaunu molekulu ievietošanu, struktūras samazināšanu, izotopu iestatīšanu un daudz ko citu.

Šī ir patiešām laba molekulārās modelēšanas programmatūra, ar kuras palīdzību jūs varat vizualizēt Protein Data Bank failus savā datorā. Ja jums patīk, lejupielādējiet no šejienes .

Skatīt: Chem4Word ir Microsoft Word ķīmijas pievienojumprogramma. .

B] Swiss-PdbViewer

Swiss-PdbViewer ir īpašs bezmaksas PBP failu skatītājs operētājsistēmai Windows 11/10. Tas ļauj vizualizēt un analizēt vairākas olbaltumvielu struktūras vienlaikus. Varat analizēt proteīna struktūru, DNS struktūru utt., kas atrodas PBP failā. Papildus PDB failam tas ļauj arī atvērt un skatīt MOL un MMCIF failus.

Atverot PBP failu, saskarnē tiek parādīts 3D skats kopā ar vadības paneļa logu. Vadības panelī ir vispārīga informācija, saraksts un faila nosaukums. Jūs varat viegli pārvietot struktūru, pagriezt to, tuvināt/tālināt utt.

Tas arī ļauj atbilstoši jūsu vēlmēm parādīt vai paslēpt punktu virsmu, pamatni, ūdeņraža saites, spēka vektorus un daudz ko citu. Varat arī izcelt dažādas daļas ar dažādām krāsu shēmām, lai labāk analizētu struktūru. Turklāt varat izmantot displeja funkcijas, piemēram, Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels un citus.

Papildus vizualizācijas rīkiem jūs iegūstat arī daudzas molekulārās modelēšanas funkcijas. Turklāt tajā ir arī enerģijas aprēķins, H-saites aprēķins, domēna analīze, domēna noteikšana, 3D motīvu izveide, kristalogrāfiskās simetrijas veidošana un citi rīki.

Jūs varat to lejupielādēt no Oficiālā vietne .

Lasīt: Labākā bezmaksas jaudas analīzes programmatūra operētājsistēmai Windows 11/10.

C] QMol

Cumol ir vēl viens bezmaksas PBP skatītājs operētājsistēmai Windows 11/10. Tas ir makromolekulāro struktūru vizualizācijas rīks, ar kuru varat skatīt PBP failus. Citi faili, kurus varat atvērt un skatīt tajā, ir DX, MAP, MTZ, CNS utt.

Tas ļauj pārslēgties starp perspektīvajiem un ortogrāfiskajiem skatiem, pagriezt modeli, tuvināt/tālināt utt. Varat renderēt modeli, izmantojot POV-Ray un tā animācijas renderēšanas metodes. Renderēto struktūru var saglabāt PNG formātā. Ir pieejams arī mērīšanas rīks, kas ļauj izmērīt attālumu, leņķi un pagriezienu modelī.

Varat arī atrast dažus papildu rīkus, lai sīkāk analizētu olbaltumvielu struktūru. Šie rīki ietver Molekulārā superpozīcija, Mol virsmas griezējs, Mol virsmas ģenerēšana, Mol saišu redaktors, mijiedarbības analīze, Mol morph animācija, un tā tālāk.

Tā ir laba programmatūra, lai vizualizētu un analizētu proteīna struktūru, kas atrodas PBP failos.

Skatīt: .LIT opcija # Kā pārvērst LIT uz EPUB vai MOBI operētājsistēmā Windows?

zils ekrāns pēc miega logiem

D] Molekulas

Nākamā PBP skatītāja programmatūra šajā sarakstā ir Molekel. Šī ir diezgan veca, bet jaudīga molekulārās vizualizācijas programmatūra, kas ļauj atvērt un skatīt PDB failus. Jūs varat atrast daudzus molekulārās vizualizācijas un analīzes rīkus, kas ļauj analizēt olbaltumvielu struktūras.

Tas ļauj pielāgot molekulu, atomu, saišu, atlikumu utt. displeju. Katram no tiem varat izvēlēties dažādus displeja veidus, piemēram, Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semicylinder, Vads, nūja, lineāra lente utt. Turklāt jūs varat pielāgot 3D skata īpašības, parādīt/slēpt ierobežojošos lodziņus, izmantot ēnotājus utt. Tas ļauj skatīt PDB failu, mainot virsmas elektronu blīvumu. struktūru un pievienojot struktūrai šķīdinātājam pieejamu virsmu.

tu vari atrast Animācija funkcija tajā, lai atskaņotu molekulas struktūras animāciju. Tam ir arī īpaša 'Analīzes' izvēlne ar atbilstošiem rīkiem. Izmantojot analīzes rīkus, struktūrai varat noteikt režģa datus, rotācijas blīvumu, molekulāro elektrostatisko potenciālu, emisijas spektru, attālumu, leņķi un daudz ko citu.

Tas arī ļauj konvertēt PBP failus dažādos failu formātos. Šie formāti ietver PDF, PS, EPS un attēlu. Ja jums tas patīk, varat to iegūt Šeit .

Lasīt: Complete Anatomy App ir cienīga lejupielāde operētājsistēmai Windows. .

E] Rasmols

Varat arī izmantot RasMol, lai skatītu PBP failus operētājsistēmā Windows 11/10. Tā ir bezmaksas atvērtā koda programmatūra, kas ļauj vizualizēt un analizēt molekulārās struktūras. Tā atbalsta arī citu failu, piemēram, MOL, XYZ, CIF, MOPAC utt., atvēršanu un skatīšanu.

Tas ļauj apskatīt struktūru kā rāmi, velku, stieņus, lentes, pavedienus utt. Varat arī izcelt dažādas struktūras daļas ar dažādām krāsām. Tas arī ļauj atbilstoši jūsu vēlmēm parādīt vai paslēpt ūdeņraža atomus, heteroatomus, ēnas, etiķetes utt. Varat arī izmērīt attālumu, vērpes, leņķi un citas struktūras vērtības.

Šī programmatūra ir pieejama Šeit .

Skatīt: Labākā bezmaksas 3D cilvēka anatomijas programmatūra operētājsistēmai Windows.

2] Izmēģiniet bezmaksas tiešsaistes rīku, lai lasītu PBP failus.

Varat arī izmantot bezmaksas tiešsaistes rīku, lai atvērtu un skatītu PBP failus. Viss, kas jums jādara, ir atvērt vietni tīmekļa pārlūkprogrammā un lejupielādēt PDB failu, lai to skatītu. Šeit ir daži labi bezmaksas tiešsaistes PBP skatītāji, kurus varat izmēģināt:

• RCSB PBP
• Molsoft

A] RCSB PBP

Firefox iespēj papildinājumus privātā pārlūkošanā

Varat izmantot šo bezmaksas tiešsaistes rīku RCSB PDB, lai vizualizētu Protein Data Bank failus. Tas ļauj importēt PBP failu un pēc tam vizualizēt un analizēt tā molekulāro struktūru.

Varat atrast dažas pamata vizualizācijas funkcijas, piemēram, tālummaiņu, pagriešanu, papildu porta skata pārslēgšanu, kameras atiestatīšanu, atlases režīma pārslēgšanu utt. Tas arī ļauj pielāgot dažus iestatījumus vai vadības opcijas, piemēram, kameras režīmu (perspektīvu vai ortogrāfisku), fona krāsu, /izslēgts. atspējot oklūziju, iespējot/atspējot miglu, apgriešanu, atrašanās vietu utt.

Tas nāk ar Animēt funkciju. Izmantojot to, jūs varat automātiski pagriezt proteīna struktūru. Ar to jūs varat pielāgot griešanās ātrumu un leņķi. Jūs arī saņemat īpašu Mērīšana rīks tajā. Izmantojot šo rīku, varat uzzināt vairākas vērtības, piemēram, attālumu, orientāciju, leņķi un daudz ko citu.

Papildus šīm funkcijām ir pieejami vairāki citi ērti rīki: struktūras motīvu meklēšana, komponentu pievienošana, animācijas eksportēšana, ģeometrijas eksportēšana (STL, OBJ utt.) un modeļu eksportēšana.

Kopumā šis ir patiešām labs bezmaksas tiešsaistes PBP skatītājs ar lielisku vizualizācijas rīku komplektu. Jūs varat mēģināt Šeit .

B] Molsoft

Molsoft ir vēl viens tiešsaistes rīks, ko var izmantot, lai vizualizētu PBP struktūras. Šis ir vienkāršs PBP failu skatītājs ar pamata funkcijām. Pirmkārt, atveriet to tīmekļa vietne un noklikšķiniet uz trīs joslu izvēlnes opcijas. Pēc tam atlasiet opciju Atvērt, lai importētu lokāli saglabātu PBP failu vai augšupielādētu failu no sava Google diska. Atlasot failu, tas skatītājā parādīs molekulāro struktūru.

Lai vizualizētu struktūru, varat izmantot dažādus skata režīmus. Šie skati ietver stiepļu rāmi, kreatīna fosfokināzi (CPK), bumbiņu un stieni, lenti un daudz ko citu. Varat viegli pārslēgties starp šiem skata režīmiem atbilstoši savām prasībām. Turklāt tas ļauj iespējot vai atspējot atomu etiķetes, atlieku etiķetes, ūdeņraža saites un vietas, lai labāk izprastu struktūru.

Tas nodrošina arī mērīšanas rīkus. Modelī varat izmērīt attālumu, plakanu leņķi un pagrieziena leņķi. Turklāt ir pieejama ērta Color by function, kas ļauj krāsot struktūru pēc atoma veida, ķēdes, izlīdzinājuma, sekundārās struktūras utt.

Šis ir vēl viens labs tiešsaistes PBP failu skatītājs, kuru varat izmēģināt bez maksas.

Kā lejupielādēt PBP failu no proteīnu datu bankas?

Lai lejupielādētu PDB failu no Protein Data Bank, varat apmeklēt Protein Data Bank vietni, ievadīt un meklēt proteīna vai makromolekulas nosaukumu, piemēram, cilvēka hemoglobīnu, hitināzi utt. Pēc tam atlasiet failu no meklēšanas rezultātiem un izmantojiet lejupielādes opciju, lai lejupielādētu PBP failu. Tik vienkārši.

Kā apskatīt PBP struktūras?

PBP molekulārās struktūras var apskatīt, izmantojot īpašu tiešsaistes rīku vai programmatūras lietojumprogrammu. Varat izmēģināt bezmaksas programmatūru, piemēram, IQmol, Swiss-PdbViewer un CueMol, lai vizualizētu un analizētu PBP struktūras savā datorā. Ja vēlaties izmantot tiešsaistes rīku, ir daudz iespēju. Piemēram, izmēģiniet tādus tīmekļa pakalpojumus kā RCSB PDB un Molsoft. Tie ir bezmaksas tiešsaistes PBP failu skatītāji, kas nodrošina uzlabotus molekulārās vizualizācijas un analīzes rīkus.

Kā konvertēt PDB failu uz PDF?

Lai PDB failu konvertētu uz PDF, varat izmantot šo bezmaksas darbvirsmas lietojumprogrammu Molekel. Tā nodrošina īpašu opciju Saglabāt PDF formātā, kas ļauj konvertēt PDB failu PDF formātā. Varat atvērt PBP failu un pēc tam noklikšķināt uz 'Fails' > 'Saglabāt PDF formātā', lai PBP pārvērstu par PDF. Mēs esam detalizēti apsprieduši šo programmatūru šajā ziņā, pārbaudiet to iepriekš.

Tas ir viss.

Tagad lasiet: Labākā bezmaksas molekulārās modelēšanas programmatūra operētājsistēmai Windows.